Kemudian Capirex mendapatkan lima kemenangan lagi dengan mesin berkapasitas 990cc tersebut dan membuatnya finish di posisi ketiga klasemen pembalap akhir musim 2006. Bukan hanya itu, Ducati juga mendapatkan sebuah kemenangan dari Troy Bayliss pada seri Valencia 2006 yang menggantikan Sete Gibernau yang absen karena cidera.
Ducati cukup kecewa karena Hayden yang baru saja dinobatkan menjadi juara MotoGP 2006 tidak tertarik terhadap tawaran mereka dan akhirnya merekrut Stoner yang baru saja menyelesaikan debut dengan Honda LCR. Namun kekecewaan Ducati terobati karena Stoner memiliki gaya berkendara yang sesuai dengan Desmosedici dan berhasil membawa pulang tropi MotoGP 2007 untuk Ducati. Stoner memperoleh total 23 kemenangan selama empat tahun membalap untuk tim pabrikan Ducati.
Valentino Rossi menggantikan Stoner yang pindah ke tim Repsol Honda pada akhir tahun 2010. Semua orang berharap pembalap Italia bisa berjaya dengan pabrikan Italia, ternyata harapan itu pupus setelah beberapa modifikasi teknis besar-besaran yang dilakukan Ducati ternyata tidak juga membuahkan hasil. Walaupun Ducati sudah menggunakan sasis aluminium twin-spar seperti yang digunakan rival asal Jepang, namun tidak juga membawa perubahan yang signifikan. Belakangan diketahui bahwa Ducati tidak murni menggunakan desain twin-spar seperti Honda atau Yamaha. Setelah dua tahun tanpa kemenangan dan hanya memperoleh tiga kali podium, akhirnya Rossi kembali ke Yamaha.
Rossi menyatakan bahwa hanya sedikit hasil yang diperoleh untuk memecahkan masalah understeer pada kemudi Desmosedici walaupun dengan semua perubahan teknis yang telah dilakukan. Semoga Dovi yang menggantikan Rossi bisa bekerja sama dengan Hayden membawa Desmosedici kembali bersaing dengan dua pabrikan lainnya.
